《方案》强调，新疆自贸试验区建设过程中要牢固树立总体国家安全观，强化底线思维和风险意识，切实加强风险防控体系建设，维护国家安全和社会安全。新疆维吾尔自治区和新疆生产建设兵团要切实履行主体责任，完善工作机制，加强地方立法，打造高素质专业化管理队伍。新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团和有关部门要依法及时下放相关管理权限，完善配套政策，确保各项改革举措落地实施。

　　李希提到，纪检监察机关要“更加自觉用总体国家安全观指导驾驭纷繁复杂国家安全形势、提高应对风险挑战能力，在护航强国建设、民族复兴中找准职能定位、发挥应有作用”。

　　国务院关于在自由贸易试验区暂时调整实施有关行政法规规定的决定统一适用于中国（新疆）自由贸易试验区。自贸试验区内的综合保税区以及合作中心的实施范围和税收政策适用范围维持不变。本方案提出的各项改革政策措施，凡涉及调整现行法律或行政法规的，按规定程序办理。重大事项及时向党中央、国务院请示报告。